富集過後的細胞,經過螢光染色後可注入晶片。晶片置入DEPArray™ NxT機台後,細胞會自動進入主要晶片區,進行分選。
晶片中的電場活化後形成電籠包裹細胞懸浮,儀器有6個螢光通道可供選擇,搭配影像系統可用來分析細胞表現,篩選出目標細胞。高質量影像系統搭配電極控制電籠移動,精確地進行細胞分選和回收。
每一顆被選取的細胞會自動移動到「暫存區」,一旦完成,便可將細胞單顆/多顆單管回收到微管,進行後續分子層級的分析。
腫瘤是基因高度異質性的疾病,可能由基因突變引起,不論是遺傳或後天都有可能。大部分腫瘤都有特殊的分子改變,了解分子層級的變化有助於診斷和藥物開發。
隨著DEPArray™技術的發展,基因的異質性研究可達單顆細胞層級。可探索每顆細胞基因中隱藏的故事,例如整倍體的基因變異。DEPArray™技術可依細胞表型分選,以及運用不同參數組合與影像系統的雙重確認,可確保分選出純度100%的標的細胞,採用高純度細胞故可觀察出等位基因表現。
在腫瘤研究上,從外周血液中經由富集和篩選可純化出循環腫瘤細胞(CTC),透過全基因組放大,有足夠的DNA產物進行後續不同的分子層級分析。單顆細胞的研究有助於解開腫瘤細胞間的異質性。全面性了解腫瘤轉移的機制。
分離出的單顆細胞,可使用Ampli1™ WGA Kit進行全基因組放大,再以Ampli1™ LowPass Kit處理後,可以進行二代定序,結果可進行CNV分析,可以明顯分辨出腫瘤細胞基因突變位點。
Tumorigenicity and genetic profiling of circulating tumor cells in small-cell lung cancer
Prof. Caroline Dive是英國曼徹斯特大學藥理學教授,也是曼徹斯特癌症研究中心的傑出研究員(Manchester Cancer Research Centre),她與她的研究團隊致力於以非侵入性的方式,透過偵測血液中的循環腫瘤細胞(Circulating tumor cells),歸納出可以實際應用於疾病診斷以及追踪治療效果的數據庫,達到轉譯醫學的目的。
小細胞肺癌(SCLC)在肺癌中佔15~20%,早期就轉移,預後差,多數病人無法以手術方式去除腫瘤。Prof. Caroline Dive將病人周邊血液中的循環腫瘤細胞(CTC)分離出來,成功在免疫不全的老鼠建立疾病模式(CTC-derived explants,CDXs),與病人相似,可藉由動物模式測試藥物,選取最適合藥物進行治療,邁向個人化醫療。文中並比較CTC與CDXs在基因表現上高度相關,CTC有益於監控病程,CDXs有助於研究抗藥性的作用機制。
Molecular analysis of circulating tumor cells identifies distinct copy-number profiles in patients with chemosensitive and chemorefractory small-cell lung cancer
Prof. Caroline Dive利用已經建立的實驗流程,以DEPArray分離出已知化療敏感或化療不敏感的病患CTC,進行基因檢測,找出16個基因組可以預測化療反應。之後在病人與老鼠模式上都可以成功預測,辨識正確率達83.3%。
Whose blood is it? Application of DEPArray™ technology for the identification of individual/s who contributed blood to a mixed stain
混合DNA圖譜的解釋和統計評估通常在法醫DNA研究中是常見的特殊挑戰。本研究中將使用DEPArray™技術分選出的細胞進行STR分析結果與早期以傳統方式進行分析的結果做對比。
19th European Forensic DNA Working Group Meeting
BLOOD IN BLOOD: isolation and typing of single contributors after DEPArray™ separation
DEPArray™ NxT使用數位化分選100%純混合檢體若是混合兩個貢獻者以上的相同種類細胞,只能使用單細胞分析來解決。DEPArray™ NxT使用數字化分選100%純粹的細胞,最多一次可以從一個樣品中回收48管單顆細胞。藉由獲得正確的單一STR圖譜,可以比對出貢獻者的基因圖譜。的細胞,最多一次可以從一個樣品中回收48管單顆細胞。借由獲得正確的單一STR圖譜,可以比對出貢獻者的基因圖譜。
Deconvolution of blood-blood mixtures using DEPArray™ separated single cell STR profiling
應用謀殺案件真實樣本(刀片上的血斑,保存時間約六週),回收17管單顆白細胞,其中35%得男性圖譜(n=6);41%得女性圖譜(n=7);24%無結果(n=4)。男性圖譜平均完整度為81%、女性圖譜平均完整度為79%。整合數個部份圖譜,最終可推導出完整圖譜。
目前唯一通過美國FDA認證的CTCs檢測技術,具有精準性與可重複性;在乳癌、大腸直腸癌與前列腺癌已有臨床檢驗標準,可做為評估指標。利用免疫磁珠與免疫螢光捕捉與標定CTCs,全程自動化,可降低人為影響。一次最多可以同時執行8個樣品,適合應用於定期監測病患狀況,評估藥物療效與復發跡象。於研究方面,也陸續開發不同類型細胞的試劑組,使研究人員能依據需求富集特殊細胞。
單顆細胞中使全基因組擴增優化,單一引子進行PCR,確保相間比例擴增DNA片段,平均且完整擴增DNA片段,擴增長度0.2~2K bp 適用任何種類的細胞,單管操作,無需沉澱DNA,滅少損失,過程快速,手動操作時間1.5小時,單顆細胞最多可獲得4ug DNA 適用於後續的基因分析應用,包括全基因組定序。
接續Ampli1™ WGA Kit產物使用Ampli1™ LowPass Kit,可輕鬆完成測序前建庫,免除中間複雜的實驗流程,像是純化,去掉adaptor,再接合等步驟。
Ampli1™ WGA Kit 單顆細胞全基因組擴增套組 ,單顆細胞中使全基因組擴增優化,單一引子進行PCR,確保相間比例擴增DNA片段,平均且完整擴增DNA片段,擴增長度0.2~2K bp 適用任何種類的細胞,單管操作,無需沉澱DNA,滅少損失,過程快速,手動操作時間1.5小時,單顆細胞最多可獲得4ug DNA 適用於後續的基因分析應用,包括全基因組定序。
DEPArray™ 可以物理性的方式將不同中細胞分群,分選出純粹細胞,可獲得良好的STR遺傳表型。配合法醫檢體,發展出法醫檢測樣品準備試劑盒,將實驗室中優化的法醫檢驗樣品準備步驟製作成完整流程,標準化細胞標定效果,所需溶液和細胞標示專一性抗體分別包裝,可依實驗所需選購。
Ampli1™ LowPass Kit 染色體非整倍體和拷貝數變異 建庫套組,接續Ampli1™ WGA Kit產物使用Ampli1™ LowPass Kit,可輕鬆完成測序前建庫,免除中間複雜的實驗流程,像是純化,去掉adaptor,再接合等步驟。
支援兩種定序平台:Ion Torrent™和Illumina®
CELLSEARCH CTC檢測系統是目前唯一通過美國FDA認證的CTCs檢測技術,具有精準性與可重複性;在乳癌、大腸直腸癌與前列腺癌已有臨床檢驗標準,可做為評估指標。利用免疫磁珠與免疫螢光捕捉與標定CTCs,全程自動化,可降低人為影響。一次最多可以同時執行8個樣品,適合應用於定期監測病患狀況,評估藥物療效與復發跡象。於研究方面,也陸續開發不同類型細胞的試劑組,使研究人員能依據需求富集特殊細胞;配合DEPArray單細胞分離篩選系統可進一步取得單顆目標細胞進行後續分子分析。
DEPArray™ LysePrep Kit可以一次裂解高達1500個細胞,釋放DNA,可以直接進行後續定序分析(例如Targeted PCR, NGS)。一步驟單管完成細胞裂解,無需轉移樣品或清洗,降低損失或稀釋DNA;細胞裂解後可直接使用在後續應用,高敏感度和正確性。
FFPE樣品質量控管套組(DEPArray™ FFPE QC Kit) 可以從細胞裂解液中偵測所含的DNA質量,加上DEPArray分選細胞時可獲得染色體倍數的資料,搭配之後還可以計算出分選細胞數量足後進行後續定序,節省細胞用量,穩定定序結果。
專屬Ampli1™ WGA Kit的品質控管套組(Ampli1™ WGA QC Kit ),可在全基因組放大後進行簡易的測試,確認放大的品質,再選取質量好的樣品進行後續實驗。
Ampli1™ ReAmp/ds Kit ssDNA轉換成dsDNA,此套組能將ssDNA轉換成dsDNA,且可以讓Ampli1™ WGA Kit 產生的DNA產物再次放大。