前言: 踏出單顆細胞基因組分析的第一步
1. 哪一種WGA方法適用您的單細胞基因研究呢?
2. 擴增前樣品是單顆細胞,還是微量純化過的DNA?
3. 雙倍體基因體學,ADO影響分析結果
4. 樣品是新鮮或是固定過後的細胞,影響DNA模板完整性
5. 持續優化的單顆細胞基因組分析流程
%ADO Measured | |||||
Papers WGA | 2014 | 2015 | 2016 | 2017 | 2016 |
(5) Binder V et al | (9) Huang L et al | (3) Babayan A et al | (10) Borgström E et al | (4) Normand E et al | |
WGS | WGS | WES | WES | STR | |
Ampli 1™ | 2% | 9% | 7-9% | 6% | |
PicoPlex | 24% | 65-98% | 49% | ||
MALBAC | 21-28% | 18-47% | |||
GenomePlex | 76% | 69% | |||
Repli-G | 33-38% | 100% | 93-95% |
從歷年多篇論文比較可看出,相較於其他WGA方法,Ampli1™ WGA Kit於ADO部份具有最佳表現。
Ampli1™ WGA Kit與其他放大方式相比,可平均放大各基因,同一個基因的對偶基因也平均擴增,降低ADO 個(allelic drop out)比率。
隨著DEPArray™技術的發展,基因的異質性研究可達單顆細胞層級。可探索每顆細胞基因中隱藏的故事,例如整倍體的基因變異。DEPArray™技術可依細胞表型分選,以及運用不同參數組合與影像系統的雙重確認,可確保分選出純度100%的標的細胞,採用高純度細胞故可觀察出等位基因表現。
DEPArray™ 可以物理性的方式將不同中細胞分群,分選出純粹細胞,可獲得良好的STR遺傳表型。配合法醫檢體,發展出法醫檢測樣品準備試劑盒,將實驗室中優化的法醫檢驗樣品準備步驟製作成完整流程,標準化細胞標定效果,所需溶液和細胞標示專一性抗體分別包裝,可依實驗所需選購。
專屬Ampli1™ WGA Kit的品質控管套組(Ampli1™ WGA QC Kit ),可在全基因組放大後進行簡易的測試,確認放大的品質,再選取質量好的樣品進行後續實驗。