2. 擴增前樣品是單顆細胞,還是微量純化過的DNA?–漫談單細胞全基因組定序分析

漫談單細胞全基因組定序分析系列文章-選擇適合WGA分析方法

前言: 踏出單顆細胞基因組分析的第一步
1. 哪一種WGA方法適用您的單細胞基因研究呢?
2. 擴增前樣品是單顆細胞,還是微量純化過的DNA?
3. 雙倍體基因體學,ADO影響分析結果
4. 樣品是新鮮或是固定過後的細胞,影響DNA模板完整性
5. 持續優化的單顆細胞基因組分析流程



因單顆細胞DNA約只有6 pg,即使只以0.1~1ng DNA進行WGA,相當於16-166顆細胞,因此起始樣本中具有多個相同DNA分子,當某個單一DNA分子於WGA過程中產生複製偏差時,其他細胞提供的相同DNA分子將會稀釋或代償此偏差,因此伴隨著樣本中具相同基因分子越多時,最終擴增產物越能準確反應原始樣本狀況,WGA產生的複製偏差將被忽略。

然而以單顆細胞進行WGA時,樣本中將只有一對等位基因分子 (alleles) ,因無其他細胞提供相同DNA分子,當複製偏差產生時,將不會發生上述的代償現象,造成allelic dropout (ADO),最終導致錯誤分子分析結果,因此於單顆細胞基因組分析時,WGA是否具有完整且平均擴增基因組與alleles的能力至關重要。

Ampli1 WGA kit藉由優化過的非隨機片段化過程及控溫PCR擴增過程,確保相同locus與alleles的代表片段永遠為相同尺寸與鹼基組成,藉此使得細胞間的locus及單顆細胞的alleles皆能受相同靈敏度的完整同步擴增,讓單顆細胞Ampli1 WGA產物的基因突變與染色體套數變化分析結果能被信賴

Ampli1 WGA Kit Comparison

Ampli1TM WGA kit可同步平均放大alleles,降低allelic dropout (ADO)產生,提供可信賴的分子分析結果。




DEPArray™ NxT
單細胞分離篩選系統

隨著DEPArray™ 技術的發展,基因的異質性研究可達單顆細胞層級。可探索每顆細胞基因中隱藏的故事,例如整倍體的基因變異。DEPArray™ 技術可依細胞表型分選,以及運用不同參數組合與影像系統的雙重確認,可確保分選出純度100%的標的細胞,採用高純度細胞故可觀察出等位基因表現。

Ampli1™ WGA Kit
單顆細胞全基因組擴增套組

單顆細胞中使全基因組擴增優化,單一引子進行PCR,確保相間比例擴增DNA片段,平均且完整擴增DNA片段,擴增長度0.2~2K bp 適用任何種類的細胞,單管操作,無需沉澱DNA,滅少損失,過程快速,手動操作時間1.5小時,單顆細胞最多可獲得4ug DNA 適用於後續的基因分析應用,包括全基因組定序。