2. 擴增前樣品是單顆細胞,還是微量純化過的DNA?–漫談單細胞全基因組定序分析

漫談單細胞全基因組定序分析系列文章-選擇適合WGA分析方法

前言: 踏出單顆細胞基因組分析的第一步
1. 哪一種WGA方法適用您的單細胞基因研究呢?
2. 擴增前樣品是單顆細胞,還是微量純化過的DNA?
3. 雙倍體基因體學,ADO影響分析結果
4. 樣品是新鮮或是固定過後的細胞,影響DNA模板完整性
5. 持續優化的單顆細胞基因組分析流程



因單顆細胞DNA約只有6 pg,即使只以0.1~1ng DNA進行WGA,相當於16-166顆細胞,因此起始樣本中具有多個相同DNA分子,當某個單一DNA分子於WGA過程中產生複製偏差時,其他細胞提供的相同DNA分子將會稀釋或代償此偏差,因此伴隨著樣本中具相同基因分子越多時,最終擴增產物越能準確反應原始樣本狀況,WGA產生的複製偏差將被忽略。

然而以單顆細胞進行WGA時,樣本中將只有一對等位基因分子 (alleles) ,因無其他細胞提供相同DNA分子,當複製偏差產生時,將不會發生上述的代償現象,造成allelic dropout (ADO),最終導致錯誤分子分析結果,因此於單顆細胞基因組分析時,WGA是否具有完整且平均擴增基因組與alleles的能力至關重要。

Ampli1 WGA kit藉由優化過的非隨機片段化過程及控溫PCR擴增過程,確保相同locus與alleles的代表片段永遠為相同尺寸與鹼基組成,藉此使得細胞間的locus及單顆細胞的alleles皆能受相同靈敏度的完整同步擴增,讓單顆細胞Ampli1 WGA產物的基因突變與染色體套數變化分析結果能被信賴。[/vc_column_text][vc_column_text]

Ampli1 WGA Kit Comparison

Ampli1TM WGA kit可同步平均放大alleles,降低allelic dropout (ADO)產生,提供可信賴的分子分析結果。