前言: 踏出單顆細胞基因組分析的第一步–漫談單細胞全基因組定序分析

漫談單細胞全基因組定序分析系列文章-如何選擇適合WGA分析方法

前言: 踏出單顆細胞基因組分析的第一步
1. 哪一種WGA方法適用您的單細胞基因研究呢?
2. 擴增前樣品是單顆細胞,還是微量純化過的DNA?
3. 雙倍體基因體學,ADO影響分析結果
4. 樣品是新鮮或是固定過後的細胞,影響DNA模板完整性
5. 持續優化的單顆細胞基因組分析流程



從real-time PCR到microarray,從Sanger sequencing到NGS,各類的分子層級分析技術讓人們能更了解細胞DNA情況並廣泛用於各種領域。然而,很多情況下,樣品的來源相當稀少,例如CTCs或其他稀少臨床檢體,此時樣品的DNA量將會限制其可應用的分析方向,沒有足夠的DNA量,即無法進行後續NGS等分子分析,或是同一個樣品的DNA量無法進行多種分子分析;當無更多樣品來源時,為了突破窘困,就需要以放大現有樣本的DNA量的方式滿足分析需求,因應於此,全基因組擴增技術(Whole Genome Amplification, WGA)的重要性日漸突出。

伴隨著研究深入,樣品量從實驗室細胞培養的數百萬細胞到臨床樣本的少量細胞,經由WGA的幫助,少量細胞也可進行多樣化的後續分子分析並應用於疾病診斷等,隨著研究的精細度越來越高,最終達至單顆細胞層級的分子分析,然而為了進行單顆細胞分析,從WGA開始至分子分析結束為止的工作流程中,許多新的問題需要考量並被解決,才能成功取得有意義的單顆細胞基因組分析結果。

為了建立適當的單顆細胞基因組分析流程,以下將分析幾點於開始實驗前需考量的部分,藉此能更清楚如何選擇適當的WGA,並取得良好的單顆細胞基因組擴增產物進行後續分子分析。