3. 雙倍體基因體學，ADO影響分析結果–漫談單細胞全基因組定序分析

漫談單細胞全基因組定序分析系列文章-選擇適合WGA分析方法

前言: 踏出單顆細胞基因組分析的第一步
1. 哪一種WGA方法適用您的單細胞基因研究呢？
2. 擴增前樣品是單顆細胞，還是微量純化過的DNA？
3. 雙倍體基因體學，ADO影響分析結果
4. 樣品是新鮮或是固定過後的細胞，影響DNA模板完整性
5. 持續優化的單顆細胞基因組分析流程

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WGA產物可進行多樣化的分子分析，依據分析方式需求的基因體倍數，大致分成兩部份

第一部分 : 單倍體基因體學

• Single nucleotide polymorphisms (SNPs)
• Copy Number Variation (CNVs)

第二部分 : 雙倍體基因體學

• Homozygous SNPs and insertions/deletions (INDELs)
• Heterozygous SNPs and INDELs
• Copy Number Variation (CNVs)
• Loss of heterozygosity (LOH)

於單倍體基因體學，唯一可能導致分析錯誤的來源為WGA的DNA聚合酶保真度與擴增產物的代表性。

於雙倍體基因體學，除偵測各股DNA本身外，還需與另一股DNA對照，因此挑選的WGA方法除了需具備高保真度DNA聚合酶、擴增產物代表性外，還需能確實依比例平均放大alleles。
為了於單顆雙倍體細胞，例如人類細胞，所做的基因體分析正確性，需要確保所選擇的WGA方法對於一對alleles中的某個無偏好性，否則擴增產物將無法正確反應細胞真實的alleles情況。
若alleles受到不平均放大，將會導致Allelic dropout (ADO)產生，因ADO會導致alleles層級的定序錯誤，因此ADO對定序結果正確度的影響遠大於DNA聚合酶保真度。
相比起其他WGA方法，Ampli1 WGA kit為優化其處理單顆細胞的能力，使用對人類細胞特別設計的限制酶處理genome，配上高校對能力聚合酶 ( error rate <10 -5 )與高重複性、控制性放大過程，使單顆細胞的WGA 產物 ADO rate降至最低。[/vc_column_text][vc_column_text]

%ADO Measured
Papers WGA	2014	2015	2016	2017	2016
	(5) Binder V et al	(9) Huang L et al	(3) Babayan A et al	(10) Borgström E et al	(4) Normand E et al
	WGS	WGS	WES	WES	STR
Ampli 1™	2%		9%	7-9%	6%
PicoPlex			24%	65-98%	49%
MALBAC		21-28%		18-47%
GenomePlex		76%			69%
Repli-G		33-38%	100%	93-95%

從歷年多篇論文比較可看出，相較於其他WGA方法，Ampli1™ WGA Kit於ADO部份具有最佳表現。

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