4. 樣品是新鮮或是固定過後的細胞,影響DNA模板完整性–漫談單細胞全基因組定序分析

以培養的細胞進行研究時,容易取得新鮮樣品,因此能於細胞完整度與DNA品質處於良好的狀態進行WGA。

然而當處理臨床樣品時,因於樣品收集、運送、儲存條件與時間狀況不一,為維持細胞完整性,往往會將細胞固定,此步驟卻會導致DNA cross-linking與片段化,不同WGA原理受到此狀況影響的程度不一,其中以MDA技術擴增基因需要良好品質的DNA模板,否則將嚴重干擾genome的擴增產量與均勻度。

基於PCR-based的Ampli1™ WGA,其受到DNA cross-linking與片段化狀況的影響最為輕微,因此當需以固定細胞進行WGA時,例如臨床病患血液中的CTCs或病理檢體FFPE等,皆可應用Ampli1 WGA kit獲得足夠的優質擴增產物進行後續分子分析

Different WGA methods

新鮮 (unfixed)/固定 (fixed)/固定打洞 ( Fix/perm)三類細胞樣本以不同WGA方法處理後,於aCGH分析的表現比較(4- Normand et al, Prenat Diagn. 2016)

Derivative Log Ratio (DLR)越低,代表雜訊越低,分析時的解析度越佳。新鮮及固定細胞兩種樣本中,Ampli1™ WGA kit與其他擴增方式相比,可以得到最佳CNV分析解析度。

FFPE sample isolated WGA 01

FFPE sample isolated WGA 02

FFPE sample isolated WGA 03

FFPE sample isolated WGA 04

FFPE sample isolated WGA 05

肺癌FFPE樣品,以DEPArray分離出的單細胞經Ampli1 WGA kit接續CNVs,分析結果真實反應樣本細胞的染色體套數變化情況,可用來比對細胞異質性。

為了獲得良好定序結果,建議WGA擴增基因前,先使用DEPArray™ FFPE QC試劑盒確認DNA的完整性 此次實驗獲得的QC分數為0.7。