5. 持續優化的單顆細胞基因組分析流程–漫談單細胞全基因組定序分析

除了根據樣品種類挑選適合的WGA試劑外,也需考慮該試劑擴增後的DNA產物適用在哪些種類的分子分析。有鑑於Ampli1™ WGA kit優化過的WGA過程,其產物適合接續任何類型的分子分析,包含

  • Sanger sequencing
  • short tandem repeat (STR analysis)
  • NGS library preparation for cancer panels, exome sequencing
  • low-pass genome and whole genome sequencing

為了得到良好分子分析結果,多樣的系列試劑協助優化整體單顆細胞基因組分析工作流程

Ampli1 WGA QC Kit

Ampli1™ QC kit

因Ampli1™ WGA kit使用限制酶將genome形成DNA片段,而部份位點較難被限制酶成功切開,因此相對於其他DNA片段較難放大,依據此原理,Ampli1™ QC kit能藉由特別設計的引子辨識這些片段,若較難放大的DNA片段都有成功代表較容易放大的片段理論上也都有成功,因此能藉由簡單的PCR實驗反應於分子分析前鑑定WGA產物品質,挑選符合需求的樣本進行各式分子分析。

Ampli1 ReAmp ds Kit

Ampli1™ ReAmp/ds kit

可分成兩部份優化Ampli1™ WGA產物,其一,以Ampli1™ ReAmp/ds kit經一次PCR反應,將單股DNA分子皆補全成雙股,更進一步提升後續NGS偵測的全面性;其二,以Ampli1™ ReAmp/ds kit可使用1 μl Ampli1™ WGA產物作為模板材料再放大,藉此,可從單顆細胞中取得大量DNA量並滿足後續分析需求。

Ampli1 LowPass Kit

Ampli1™ LowPass kit

若預計要進行Low-pass genome sequencing,有鑒於Ampli1™ WGA kit優良的DNA片段化與PCR擴增過程,使得Ampli1™ LowPass kit可經由Ampli1 WGA 產物縮短原本繁複的建庫過程,以帶有barcode序列的引子配合簡單的PCR過程,讓使用者清楚明白每段DNA片段來自哪個樣品,可於一次定序中同時測定最多96個樣本,相比起原本的標準流程,可節省使用者一半以上的成本花費

Ampli1 WGA kit workflows